San Andrés está cruzada de sur a norte por una pequeña serranía cuya máxima altura se encuentra en el cerro La Loma, de unos 85 m de altura.4​ Los suelos de San Andrés indican que su formación se debe a la erupción de algún volcán antiguo que arrojó rocas del fondo marino a la superficie, creando la mayoría de islas del archipiélago.